D’une part, le cahier des charges de l’agriculture biologique préconise un certain nombre de mesures de gestion qui peuvent s’appliquer en agriculture classique, par exemple la rotation des cultures, ou le délai minimum d’abattage des animaux, qui s’impose aussi pour certains labels de qualité. D’autre part, l’interdiction de produits chimiques (ce terme est vague comme la frontière entre chimique et naturel, mais les cahiers des charges sont, eux, précis) n’est pas totale en agriculture bio, elle est plus restrictive, les pyréthrénoïdes et la roténone, deux insecticides naturels tirés de végétaux sont autorisés, ils ont une biodégradabilité rapide et sont beaucoup moins nocifs que la plupart des insecticides issus de la pétrochimie.

Il est vrai que les agriculteurs bio préfèrent restaurer les équilibres de la petite faune en favorisant la faune utile (lutte biologique) plutôt qu’éliminer indistinctement toute activité animale.

Un exemple de moins en moins controversé est celui de la bouillie bordelaise (à base de sulfate de cuivre) utilisée en arboriculture fruitière (pas seulement en agriculture biologique) est autorisée alors que la toxicité du cuivre aujourd’hui reconnue va conduire à son élimination, y compris en agriculture classique, déjà les effet nocifs du cuivre avaient entrainés une diminution des doses de cuivre dans la bouillie bordelaise et le recours de plus en plus fréquent à d’autres méthodes.

L’agriculture bio élimine un certain nombre de risques sanitaires induits par l’usage, ou l’abus, de certains intrants chimiques, mais elle introduit des facteurs de risque liés à certaines pratiques :

l’interdiction des fongicides chimiques entraîne le risque de présence de mycotoxines dans les aliments ; l’emploi de fertilisants organiques peut amener des germes pathogènes pour l’homme ; c’est vrai aussi en agriculture classique ; l’emploi de médicaments homéopathiques doit être subordonné à une vérification de leur efficacité réelle, c’est pourquoi l’usage ne fait pas consensus parmi les agriculteurs bio. l’interdiction d’emploi de désherbant entraine l’augmentation des travaux culturaux d’où une augmentation de la dépense énergétique par unité produite (en contradiction parfois avec la notion de développement durable). L’agriculture biologique a aussi permis de développer de nombreuses techniques et technologies innovantes dont la plupart se diffusent lentement dans l’agriculture productiviste et possèdent des avantages non négligeables :

elle supprime la plupart des nuisances liées aux pesticides que ce soit pour les nappes phréatiques ou les eaux de surface, la faune et l’homme ; en relocalisant les productions et en recourant moins aux intrants, elle revitalise le tissu socio-économique local, crée des emplois, évite des flux de marchandises facteur d’effet de serre et diminue les infrastructures d’extraction de matières premières, infrastructures extrêmement polluantes en général ; elle utilise beaucoup moins de matériaux issus de la pétrochimie et donc tend à retarder le pic pétrolier ; elle est très favorable à la biodiversité ; elle permet de diminuer l’exode rural en améliorant la viabilité à long terme des exploitations et l’image des paysans ; elle est un moyen de lutter contre l’érosion. selon une étude de la Cornell University de New York, elle consomme 30 % d’’énergie en moins, moins d’eau et pas de pesticides pour des rendements équivalents. Néammoins, elle se diffuse très lentement dans le milieu agricole professionnel et reste marginale, malgré les aides importantes à la reconversion. Elle trouve la plupart de ses adeptes et défenseurs parmi les néo-ruraux et les mouvements écologistes des villes.

Nombreuses sont les collectivités territoriales à favoriser activement l’agriculture biologique afin de faire de grosses économies et d’améliorer la santé des populations, tel que la ville de Munich depuis 1991 pour protéger les ressources en eau, ce programme est un succès.